Le deuxième cycle (ou master) correspond à la 4ème et à la 5ème année de pharmacie. A partir de la 4ème année, les étudiants vont se spécialiser et choisir une filière : officine, industrie ou internat (préparation au concours). L'accès à la filière industrie se fait sur dépôt de dossier et entretien avec les responsables de la filières (les places sont limitées).

Le programme va alors reposer en partie sur des enseignements en rapport avec chacune des filières. Il y a toujours une partie de tronc commun pour chacun des semestres de la 4ème année, ainsi qu'un enseignement optionnel.

DFASP1 (4ème année)

De plus, les étudiants en 4ème année sont préparés à l'examen du Certificat de Synthèse Pharmaceutique (CSP) qui est obligatoire de valider pour pouvoir s'inscrire en 6ème année. Par conséquent, les étudiants peuvent passer 4 fois l'examen pour le valider. L'examen consiste à commenter un dossier clinique (antécédents, bilan biologique et hématologique, prescription, intérêts et cohérence).
- d'abord un examen écrit de 30 minutes sous forme de QCM. Les QCM sont tirés au sort parmi les QCM mit à disposition des étudiants pour s'entraîner. Seuls les étudiants ayant à l'issu de cet examen une note supérieure à 6/20 sont admit à l'oral.
- puis un examen oral : 10 minutes de préparation sur un sujet tiré au sort puis 10 minutes d'entretien avec un jury de deux professionnels.

DFASP2 (5ème année)

La 5ème année est une année hospitalo-universitaire de 12 mois à mi-temps dans un hôpital. Les étudiants sont donc en stage à mi-temps de 5 demi-journées (3h00) par semaine (rémunéré environ 250€/mois) pour réaliser diverses missions. Le choix de l'hôpital, puis des services, se fait selon un classement des étudiants de la promotion basé sur leurs résultats universitaires (notes de première session d'examen du 1er semestre de 2ème année au 1er semestre de 4ème année). Pour les étudiants en industrie et en internat (qui sont en stage jusqu'en décembre ou qui préparent le concours de l'internat en décembre), le stage ne débutera qu'en janvier et sera à temps plein.