Le deuxième cycle (ou master) correspond à la 4ème et à la 5ème année de pharmacie. A partir de la 4ème année, les étudiants vont se spécialiser et choisir une filière : officine, industrie ou internat (préparation au concours). L'accès à la filière industrie se fait sur dépôt de dossier et entretien avec les responsables de la filières (les places sont limitées).

Le programme va alors reposer en partie sur des enseignements en rapport avec chacune des filières. Il y a toujours une partie de tronc commun pour chacun des semestres de la 4ème année, ainsi qu'un enseignement optionnel.