La 6ème année est très différente selon la filière suivie par l'étudiant. Les étudiants en officine et en industrie suivent le cycle cours (6 années de formation) tandis que les étudiants en internat suivent le cycle long (8 années de formation).
Le cycle court
A l'issue de ce cycle, les étudiants peuvent donc commencer à exercer. Néanmoins, ils doivent obligatoirement, dans les deux années suivant la validation de leur 6ème année, déposer et soutenir leur thèse d'exercice.
Ils recevront ainsi Diplôme d'État de Docteur en Pharmacie et leur titre de Docteur en Pharmacie. Ils pourront s'inscrire à l'Ordre National des Pharmaciens (obligatoire pour exercer en France).
Le cycle long
Pour les étudiants en filière internat reçus au concours national : l'internat débute à l'issue de la 5ème année et conduit au Diplôme d'Études Spécialisées (DES). Selon leur admission (Pharmacien biologiste, hospitalier), le programme de formation sera différent : biologie générale et moléculaire, hématologie, bactériologie, infectiologie, parasitologie, immunologie, pharmacologie, biochimie, toxicologie, virologie, mycologie, hygiène, qualité, stérilisation, clinique, adaptation thérapeutiques, dispositifs médicaux, gestion hospitalière, vigilances sanitaires, préparations et contrôles.
A l'issue de l'internat, les étudiants sont donc diplômés. Ils doivent également déposer et soutenir un mémoire de fin d'internat, tenant lieu de thèse d'exercice et confère le DES et le Diplôme d'État de Docteur en Pharmacie.